Esta circunstancia, muy particular, exige, que se tomen recaudos adicionales a los habitualmente necesarios para un evento de esta naturaleza. Por acuerdos realizados entre la CNE (Cámara Nacional Electoral), los ministerios del Interior y Salud de la Nación y las autoridades electorales y del área de la Salud de la Ciudad de Buenos Aires, han elaborado un protocolo Sanitario adecuado a las necesidades de la actualidad sanitaria. El ministerio de Salud de la Ciudad de Buenos Aires, Fernán Quirós, se manifiesta al respecto, con esta declaración: «Estamos desarrollando un plan de votación segura, con protocolos muy estrictos que los vamos a comunicar a la brevedad. El plan incluye el cumplimiento de los protocolos, medidas de seguridad y control y una campaña muy intensiva de la oferta de testeos en los días previos y el periodo alrededor del acto eleccionario». 

Protocolo para las PASO 2021 en la Ciudad 

-La cantidad de escuelas: donde se realizarán las votaciones se incrementará en un 30%. Por esa razón se recomienda consultar al Padrón Electoral para saber dónde se vota. 
Mesas electorales: el máximo permitido, será de 8 mesas por cada institución. Apuntando a bajar la concentración de personas en cada una.                                                                                                                                                       
-Los grupos de riesgo: tendrán prioridad, para acceder a la mesa que le corresponda, entre las 10.30 y 12.30 horas.                                              
-Porcentaje mínimo de fiscales en las mesas: Se exhorta a los espacios políticos para que reduzcan, al mínimo, el número de fiscales para el control del acto. 
Personas que tengan síntomas evidentes del COVID-19: y exijan ejercer el derecho a votar, la Cámara Electoral, por la acordada N° 83 de 2021, dispone que los Jueces con competencia electoral de cada uno de los 24 distritos, determinarán de que manera se facilitará esa acción.  
Ubicación de las mesas: se priorizará colocar las mesas de votación en la planta baja de los establecimientos y en lugares ventilados, abiertos o semi abiertos  
Escuelas con espacios abiertos: en la medida de lo posible, se utilizarán establecimientos de votación con espacios abiertos. 
Cuartos oscuros: móviles en espacios abiertos o semi abiertos techados.                                               
Acompañantes: serán permitidos los ingresos a las escuelas, únicamente en casos de excepción.                                                                                      
Entradas y salidas independientes: siempre que fuera posible por las instalaciones edilicias, se preferirá separar los ingresos de los egresos.   
Distancia y circulación: se dispondrá de una adecuada                                                                                      señalización en una dirección, a la circulación hacia las mesas y para mantener la distancia de 2 metros entre las personas.  
Ingreso a las escuelas: se organizarán filas con distanciamiento, para que se espere el turno de ingreso al establecimiento. Siempre, respetando la cantidad de personas que puedan permanecer dentro del edificio.  
Presentación del DNI: las autoridades de mesa solicitaran se muestre el DNI y lo dejen sobre la mesa para retirarlo, junto con la constancia, después de emitido el sufragio, sin manipulación del mismo.   
Barbijos: su uso será obligatorio, solamente, al llegar a la mesa                                                                                       donde votará, las autoridades pueden pedir que se lo quite, de forma momentánea para identificar a la persona.   
Kit sanitario: Todas las mesas deberán contar con un kit sanitario                                                                                           con 4 barbijos y una botella de alcohol en gel. También mamparas traslúcidas para aislar a la gente y las autoridades.                          
Facilitadores sanitarios: para controlar el cumplimiento de los protocolos, se han dispuesto agentes del Comando Electoral para desempeñar esa función.